関係はありません。
助成決定事業者様に向けて発行される請求書は、いずれも消費税申告における仕入税額控除適用外の「不課税」取引となります。
助成金の返還に係る請求書は消費税が含まれておりませんので、適格請求書保存方式（インボイス制度）開始以降に発行される助成金事業に係る請求書には、適格請求書発行事業者の登録番号の記載はございません。
また、助成決定事業者宛に適格請求書発行事業者の登録番号をお尋ねする予定はございません。
なお、適格請求書等保存方式（インボイス制度）についてのご質問は、最寄りの税務署や顧問税理士等にご相談をお願いいたします。