phaseごとに段階があり、まず体重が落ちる、そして、体脂肪率も下がってくる、ここまでがphase2、骨格筋量が上がるのはphase3の1だから、筋量が上がるまで2週間以上かかると考えてください。
そして重要なのがphase5までやり切る。やり切ることで体重、体脂肪率は落ち、骨格筋量は上がります。ですので、心配する必要ないです。
基礎代謝も上がるのは、筋肉をつけていくphase3からです。
その前段階として体重と体脂肪率を落として動ける体にしとくというのが重要で、怪我を防ぐことにもつながります。