デバイスにUSB-C経由で外部機器を接続した際にポップアップを非表示にし、サイレント接続することは可能ですか？

可能です。
設定の詳細については、販売店にお尋ねください。

1.対象端末に接続する周辺機器を接続した状態で『USB Host Manager』を利用して設定ルールを作成します。
https://techdocs.zebra.com/uhm/1-0/usage/
https://www.zebra.com/us/en/support-downloads/software/mobile-computer-software/usb-host-manager.html?downloadId=93064d09-18a2-47df-a3da-b18c63f9fb90

2.生成した設定ルール(XML)をStageNowもしくはOEMConfigでデバイスに設定します。
https://techdocs.zebra.com/mx/usbmgr/

EMC0413