結論から申し上げますと、ウェブサイトの表示やメールの送受信等の動作には全く影響はございません。そのまま安心してご利用ください。
インターネットの標準仕様（RFC）においても、ネームサーバーの情報は「順序を
持たない集合」として扱われ、集合におけるリソースレコードの順番は重要ではなく、
その順番を保存する必要はないと定義されております。
ご参考）JPRS（日本レジストリサービス）による「RFC 1034」の日本語訳
https://jprs.jp/tech/material/rfc/RFC1034-ja.txt
（「3.6. リソースレコード」の項目）
■ 表示順序が変わる理由
インターネットの仕組み上、ネームサーバーに設定された複数のサーバーは、「1番目」「2番目」といった優先順位を持たず、「同等の役割を持つサーバーのグループ（セット）」として扱われます。
そのため、WHOIS検索（ドメイン登録情報の照会）を行ったり、管理画面等で情報を読み取ったりする際、システムが応答を受け取るタイミングによって、表示される順番が順不同で入れ替わることがございます。
■ 動作への影響について
実際にお客様のドメインへアクセスがあった際は、世界中の通信機器が設定されているすべてのネームサーバーを認識し、その時に応答が早いサーバーなどを自動的に選択して通信を行います（ラウンドロビン方式）。
したがって、どのネームサーバーが一番上に表示されていても、機能や安定性に影響が出ることは一切ございません。お客様側での設定変更や修正は不要ですので、そのままご利用ください。