この現象はDataWedgeのMultiBarcode Modeの仕様であり、同一データのバーコードが複数存在する場合でも、重複データは1つとして出力されます。そのため、現時点で回避方法はありません（Case NO:26217638)。
代案として、AI Data Capture SDKの使用をご検討ください。
AI Data Capture SDKでは、DataWedgeやEMDKによる標準デコードエンジンとは異なり、開発者側で重複排除の制御が可能です。
設定を変更することで、同一のデータ（文字列）を持つ複数のバーコードがカメラ視野内にある場合でも、それぞれを物理的に異なる「別個のバーコードオブジェクト」として個別に認識、位置（境界ボックス：Bounding Box）を取得、およびカウントすることができます。
https://techdocs.zebra.com/ai-datacapture/latest/barcodedecoder/
EMC0701