ストレッチの間に1分ほど休憩を入れてもいいですか？息が荒くなるため、呼吸を整えたいです

問題ありません。
ストレッチは痛いほど伸ばすことで、動きが悪くなった筋肉は破壊され、血流が改善され質の良い筋肉へと変化します。
ここで頑張るか頑張らないかで効果に差が出てきますので痛くて辛いとは思いますが、丁寧に行なっていきましょう。