トレーニングで肩（膝、股関節）がゴキゴキ鳴ります

ゴキゴキ鳴って痛みがなければ全く問題ないので心配は要りません。
関節が固まってきていることが原因かもしれません。
痛みが無ければ鳴らすことで慣らしていった方が良いです。
痛みがあるようであればエクササイズを中止し、痛みがない範囲で行いましょう。