エレメント交換しても３リットルしか入らないコンパクトカーですが、軽自動車用のベルハンマーでも大丈夫ですか？

まず軽自動車ですが推奨はベルハンマーライトになります。
しかし走行距離が１０キロを超えているのであれば、振動緩和等の効果が強いベルハンマーセブンを推奨いたします。

またオイルゲージよりオイルが多く入りましても問題はないのですが、気になるのであれば液量の約半分を使用し、次回の交換時に残りを使う等でもよいと思います。